Depuis mars 2025, l’indemnisation des congés maladie des agents publics a changé de visage, une évolution que nous détaillons complètement dans notre guide complet sur la nouvelle loi de l’arrêt maladie des fonctionnaires en 2025. Beaucoup de fonctionnaires se demandent si leur affection longue durée (ALD) les protège de cette réforme, ou si la baisse de rémunération s’applique quand même. La réponse tient en quelques chiffres qu’il vaut mieux connaître avant de recevoir sa fiche de paie.
Les changements 2025 sur l’indemnisation des arrêts maladie des fonctionnaires
La réforme portée par la loi de finances a modifié en profondeur le régime du congé maladie ordinaire (CMO), c’est-à-dire l’arrêt de travail classique prescrit par le médecin traitant pour une maladie non liée au service. Ce texte ne touche pas, en revanche, aux congés de longue maladie (CLM) ni aux congés de longue durée (CLD), qui conservent leurs règles antérieures.
La baisse à 90 % du traitement (mars 2025)
Depuis le 1er mars 2025, l’agent public placé en congé maladie ordinaire ne touche plus 100 % de son traitement pendant les trois premiers mois d’arrêt, mais 90 % du traitement brut. Cette baisse concerne la fonction publique d’État, la fonction publique territoriale (FPT) et la fonction publique hospitalière, ce qui a également un impact direct sur le calendrier de versement des salaires dans la fonction publique hospitalière en 2025. Après cette période initiale, le passage au demi-traitement reste inchangé et intervient selon les mêmes seuils qu’auparavant.
| Situation | Avant mars 2025 | Après mars 2025 |
|---|---|---|
| CMO, 3 premiers mois | 100 % du traitement | 90 % du traitement |
| CMO, mois suivants (jusqu’à 1 an) | demi-traitement | demi-traitement (inchangé) |
| CLM / CLD | plein traitement puis demi-traitement selon durée | inchangé |
Le maintien du jour de carence
Le jour de carence, déjà en vigueur avant la réforme, reste appliqué à chaque arrêt de travail. Concrètement, le premier jour de l’arrêt n’est pas rémunéré, sauf situation d’exonération prévue par les textes. C’est là que les ALD entrent en jeu, mais pas de la manière que beaucoup imaginent.
ALD et arrêt maladie fonctionnaire : quelle différence ?
La confusion entre ALD et CLM/CLD est fréquente, alors que ce sont deux notions distinctes régies par des logiques différentes.
ALD (Sécurité sociale) vs CLM/CLD (fonction publique)
L’affection longue durée est une reconnaissance médicale et sociale attribuée par l’Assurance maladie pour une pathologie chronique ou grave nécessitant un traitement prolongé et coûteux (diabète, cancer, maladies cardiovasculaires sévères, entre autres). Elle donne droit à une exonération du ticket modérateur pour les soins liés à cette affection.
Le congé de longue maladie et le congé de longue durée sont des dispositifs propres au statut de la fonction publique. Le CLM concerne les affections graves nécessitant un traitement et des soins prolongés, avec une durée maximale de trois ans. Le CLD, réservé à certaines pathologies limitativement énumérées (cancer, tuberculose, poliomyélite, déficience immunitaire grave, entre autres), peut s’étendre jusqu’à cinq ans. Un agent peut être reconnu en ALD par la Sécurité sociale sans être placé en CLM ou CLD par son administration, et inversement.
Les cas d’exonération : jour de carence et ALD
Voici le point qui prête le plus à confusion : la reconnaissance d’une ALD n’exonère pas de la baisse à 90 % du traitement pendant un congé maladie ordinaire. Elle joue en revanche un rôle sur le jour de carence.
Ce que dit précisément le texte sur l’exonération
Un agent reconnu en ALD peut être exonéré du jour de carence lorsque l’arrêt est directement lié à cette affection. En dehors de ce cas, le jour de carence s’applique normalement. Autrement dit, l’ALD protège partiellement de la carence, mais pas de la réduction à 90 % du traitement pendant le congé maladie ordinaire.
Cette distinction change concrètement le calcul de la rémunération pour un agent atteint d’une pathologie chronique : son arrêt de travail lié à l’ALD peut échapper au jour de carence, mais son indemnisation reste soumise au taux de 90 % s’il relève d’un congé maladie ordinaire classique et non d’un CLM ou CLD.
Congé maladie ordinaire, CLM et CLD : durées et rémunération
Le congé maladie ordinaire peut être accordé pour une durée maximale d’un an sur une période de référence, avec le nouveau découpage : 90 % du traitement les trois premiers mois, puis demi-traitement pour la suite. Le congé de longue maladie, lui, ouvre droit à un an à plein traitement puis deux ans à demi-traitement, sur une durée totale de trois ans. Le congé de longue durée, réservé aux pathologies les plus lourdes, permet trois ans à plein traitement puis deux ans à demi-traitement, soit cinq ans au total.
Ces règles n’ont pas été modifiées par la loi de finances 2025, qui cible uniquement le CMO. Un agent basculé en CLM ou CLD conserve donc le régime antérieur, ce qui rend d’autant plus important le diagnostic posé par le médecin traitant et la commission médicale sur la nature exacte de l’arrêt.
Impact concret sur la fiche de paie en 2025
Sur une fiche de paie, la différence se traduit directement dans la ligne consacrée au traitement indiciaire pendant l’arrêt. Un agent en congé maladie ordinaire depuis mars 2025 voit apparaître une retenue supplémentaire de 10 % sur ses trois premiers mois d’arrêt, comparée à la situation antérieure. Pour un agent placé en CLM ou CLD, aucun changement n’apparaît sur ce point précis, la rémunération suivant les barèmes classiques du statut.
Les services de gestion des ressources humaines et les centres de gestion pour la fonction publique territoriale ont dû adapter leurs logiciels de paie pour intégrer ce nouveau taux et distinguer, arrêt par arrêt, s’il s’agit d’un CMO soumis à la baisse ou d’un CLM/CLD qui y échappe. Un agent qui doute de la catégorie appliquée à son arrêt a tout intérêt à vérifier ce point auprès de son service RH, car une erreur de classification peut avoir un impact direct sur son salaire net.
